A seguito di una complessa vicenda di furti, dispersioni, ricerche e ritrovamenti di una parte consistente del patrimonio storico artistico della chiesa, sono stati avviati dalla Soprintendenza per i Beni Culturali e Ambientali di Catania, con la collaborazione del Nucleo di Tutela del Patrimonio culturale dell’Arma dei Carabinieri di Palermo e della sezione di Siracusa i recuperi nel 2003 di quattro pale d’altare e due dipinti impropriamente dislocati in altre sedi religiose e nel 2004 di un frammento con putti alati della pala dell’altare maggiore con San Francesco Borgia del pittore Filippo Tancredi, mentre il ritrovamento nel 2011 del San Calcedonio martire del sesto decennio del XVIII secolo, rubato dalla sagrestia nel 1999, si deve al nucleo di Torino che l’ha restituito nel 2013.

Il ritrovamento nel 2012 di 32 preziosi esemplari di suppellettili sacre d’oro e d’argento, costituenti parte del corredo liturgico della chiesa di San Francesco Borgia, nella sede della Biblioteca regionale delle Istituzioni pubbliche di assistenza e beneficenza (IPAB) siciliane, tra cui alcune importanti testimonianze preterremoto del 1693 provenienti dalla chiesa dell’Ascensione, prima sede gesuitica catanese dal 1556, quali la preziosissima Pace in rame di ambito francese della metà del XVI secolo con la deposizione dipinta a smalto, e l’ostensorio a sole con lunetta del 1691, si deve a una capillare ricerca presso l’archivio dell’Educandato Regina Elena di Catania l’individuazione dei verbali di consegna alla Banca Nazionale del Lavoro nel 1969 e di ritiro nel 1997, di nove «oggetti sacri facenti parte della dotazione della chiesa di S. Francesco Borgia» e di loro contestuale deposito «presso l’Educandato Regina Elena […] per essere custoditi a cura dello stesso». Mentre tra i dipinti appesi alle pareti furono individuati un Ritratto di Canonico identificato con quello del Venerabile Bernardo Colnago presente nella chiesa fino al 1969 e un Ritratto di nobiluomo del 1752 del pittore palermitano Raffaele Visalli, raffigurante un personaggio verosimilmente appartenente alla Congregazione dei Nobili che aveva sede nel collegio. In ragione dell’urgenza motivata dalla mancanza delle condizioni minime di sicurezza e del rapporto pertinenziale dei beni rinvenuti con chiesa e collegio, fu disposta la loro custodia coattiva presso la Soprintendenza, contro la quale l’IPAB avviò un contenzioso al TAR di Catania decaduto nel giugno 2016.